Reformácia
Údajne ako prvý krát na Slovensku - už v roku 1520, čítal Tomáš Preisner z kazateľnice kostola sv. Ducha v Ľubici 95 Lutherových výpovedí.
Ďalším nositeľom týchto myšlienok a prvým evanjelickým farárom sa v roku 1542 stal Georg Leudischer. Po čase bol však obvinený z luteranizmu vlastnými veriacimi a pozbavený úradu. Pevnú pôdu získali reformačné myšlienky
v Ľubici po roku 1546, kedy sa úradu ľubického farára ujal Šalamon Regner. Celá cirkevná obec prešla na evanjelické vierovyznanie. Regner spočiatku nebol veľkým zástancom reformácie. Dokonca sa sťažoval spišskému prepoštovi Jakubovi, že spišská šľachta je najväčším nepriateľom katolíckych kňazov, ktorých vyháňa z fár a zamestnáva evanjelikov. Regner nakoniec prijal reformačné myšlienky a zaslúžil sa o posilnenie luteranizmu v Ľubici. Zomrel v roku 1563. Od roku 1548 do roku 1674 boli oba kostoly v Ľubici užívané evanjelikmi (Kostol sv. Ducha - postavený v pôvodnom centre slovenskej obce pravdepodobne v 12. storočí a Kostol Nanebovzatia Panny Márie - postavený na vyvýšenine nad obcou nemeckými kolonistami približne v polovici 13. storočia). Pod správu evanjelikov prešla aj škola a farský dom. Keďže išlo o masový prechod miestneho obyvateľstva na nové vyznanie viery a nie o násilné obsadenie budov, vtedajší evanjelici zachovali pôvodný interiér, tak ako to bolo bežné aj v iných obciach.
Protireformácia
Roku 1671 za vlády Leopolda I. začalo najtvrdšie obdobie rekatolizácie. Do platnosti vstúpili tvrdé protireformačné opatrenia a evanjelikom boli na dlhšiu dobu znemožnené akékoľvek prejavy ich vierovyznania. V čase protireformácie 26. augusta 1671 museli evanjelici vydať kostol Sv. Ducha. V roku 1674 zvolal knieža Stanislav Heraclius Ľubomirský "Judicium Delegatum" - súd, ktorému predsedal biskup Georg Barsóny. Obžalovaných bolo 41 evanjelických farárov a diakonov. Aj keď sa výpoveďami snažili dokázať svoju nevinu, boli nakoniec všetci odsúdení a vyhostení z krajiny kvôli vzbure voči kráľovi. Vtedajší ľubický farár Abrahám Eckhard musel spolu so svojou ženou a deťmi odísť do Čiech. Skôr ako opustil cirkevný zbor, zapísal do matriky odkaz v latinčine:
" V roku 1674, 2. mája,
bolo zvestované vyhnanstvo všetkým starostlivcom ľudských duší XIII. miest, aj mne.
Nechajte nás odísť, pretože Zem patrí Bohu a všade sme pod ochranou neba.
Pomoc vyhnanca bude v tom , že bol vyhnaný.
Vyhnancom bol aj Kristus, slušalo nám, byť jeho nasledovníkmi, čím sme aj jeho údmi.
Požehnaj Pane, vás, mojich milovaných! Nežiaľte nad mojím odchodom.
Trvalí ostaňte vo viere! V blízkom čase sa stretneme, tam vo večnosti! Amen!
Dovidenia, buďte požehnaní, čo vás teraz postretne, sa už druhým stalo.
Ešte mnohí musia zistiť, že Boh vás chce ochrániť, v nebi sa s ním stretneme."
14. mája 1674 sa napokon po vyše 125 rokoch konala vo farskom kostole Nanebovzatia Panny Márie prvá katolícka omša. 4. marca 1676 knieža Ľubomirský nariadil, aby všetci evanjelici na Spiši pri príležitosti veľkonočnej spovede zanechali svoju vieru a vrátili sa do katolíckej cirkvi. S týmto nariadením súvisel i zákaz verejných evanjelických bohoslužieb. Po celý tento čas sa nekonali žiadne evanjelické bohoslužby. Zaviedli sa peňažné a telesné tresty za neúčasť na katolíckych pobožnostiach a nedodržiavanie katolíckych zvyklostí.
Po Šoproňskom sneme
Až 20. mája 1685 po dlhom období šikany, 4 roky po sneme v Šoproni, získali evanjelici čiastočnú náboženskú slobodu. Ľubovniansky hradný kapitán povolil bohoslužby, ale len v súkromných domoch. Už v nasledujúcom roku bola táto sloboda obmedzená. Evanjelici mohli vykonávať svoje bohoslužby až po katolíckych, nesmeli používať hudobné nástroje, hlasno spievať a vyučovať katechizmus. Tieto bohoslužby sa konali v dome na ul. Generála Svobodu č. 125 - v ktorom sa v súčasnosti nachádza obecný úrad. 29. júla 1694 Ľubomirský povolil evanjelikom zriadiť si drevenú modlitebňu. V Ľubici bola takáto modlitebňa vytvorená v dome patriacom Ernestíne Grodkofskej, ktorý sa v súčasnosti nachádza na ul. Generála Svobodu 103. Majiteľka ho venovala pre potreby evanjelickej cirkvi a neskoršie v ňom býval kantor. Pri pohreboch bolo dovolené spievať a vyzváňať. Krstiť a sobášiť sa smeli len katolíci. 14. júna 1700 vydal Strachan, zástupca hradného veliteľa, dekrét, ktorým dovoľoval voľné pôsobenie evanjelickým duchovným a od 10. mája 1701 aj voľné súkromné bohoslužby.